华东师范大学改革学校科研管理模式，推进学科交叉融合，着力形成科研新生点，推进学校科学研究持续发展。在相关学科领域，学校改革科研管理模式和人员组织方式，不断激发传统学科发展优势，有效形成新生学科发展力量，通过创新科研管理模式、改革人员组成形式、设立相关研究机构、构筑交流合作平台等有效途径，不断加强科研团队建设、提升协同科研能力、激发科研创新活力，为学校学科发展和科研创新打下坚实基础。
创新科研管理模式。学校在科研管理过程中以“培植科研创新团队、构建科研创新平台、争取科研项目、形成科研创新成果”为指导原则，采取捆绑式的科研投入模式，推进学校科学研究持续发展。学校采取优秀学科带头人+创新团队+重点基地的捆绑式建设模式，以分类指导的思想有序推进，对那些接轨国际发展前沿，结合学校自身特色，充分发挥学校已有优势，符合国家和地方发展需要的学科或项目进行重点扶持，在此基础上学校也从资源、人员、经费、管理等方面给与相应的支持，从而为学校学科交叉融合和科研创新提供保障。
改革人员组织方式。学校以激发“科研人员活力、营造科研创新环境”为指导原则，通过实施首席研究员制度（“PI”制度）来创新科研人员组合方式，改革科研人员组织形式。设立“PI”制度，确定首席研究员领衔的科研团队为基本研究团队，若干研究团队进一步形成科研创新平台，为学科交叉融合提供平台，为科研创新创造环境。在这样一种科研人员组织形式中，学校与各个平台负责人签订协议，科研平台负责人负责聘任首席研究员，并以双向自由选择的方式组成科研团队，实施目标管理。对所形成的创新团队，以五年作为一个建设周期，内部的运行机制按照团队负责人的思路进行独立运作，同时确立相应的具有一定激励性的薪酬制度，从而保证人才资源顺利地向具有创新活动和产出创新成果的科研团队有效集聚。这在推动学校科研创新发展的同时也提升了学科间交叉融合的能力与活力。
设立科研高等研究院。学校以“创新体制机制、改革管理方式”为指导原则，在文理科目大范畴基础上设立高等研究院，为学科融合和科研创新奠定基础。学校在突破院系所条块管理基础上，设立思勉人文高等研究院，增强学科发展内涵，促进学科交叉融合。通过创新机构建制、完善人事管理、创新考核办法、增强人才培养能力、提高资源利用效率等有效途径，建立健全思勉人文高等研究院体制机制、完善高等研究院发展模式。学校针对所引进高层次人才和创新团队后进校所可能产生“不适应”的问题，成立科学与技术跨学科高等研究院，为理科人才培养和科学研究提供各种资源和条件，并为新引进人员提供相应服务，从而使研究院环境科更好适应人才发展和成长需要，适应学科交叉融合需要。
构筑科研交流平台。学校依托“985工程”、“211工程”建设，构筑“教师教育理论与实践”哲学社会科学创新基地、“中国思想传统与文化变迁”哲学社会科学创新基地、“俄罗斯及大国关系研究”哲学社会科学创新基金、“城镇化过程与公共安全”科技创新平台等科研基地及平台，为繁荣学校学科发展，推进学科交叉融合提供帮助。学校同时也与上海市环境科学研究院签署全面合作协议，推动资源环境学科科研成果的转化与应用，服务上海乃至整个长三角环境领域的发展；与中国科学院对地观测与数字地球科学中心合作，共建“环境遥感与数据同化联合实验室”，服务南方地区乃至全国的遥感技术应用，推动国家遥感技术的理论创新和实践应用；与中科院计算所签定合作框架协议，共同致力于龙芯电脑的应用研究。此外，还定期组织跨学科的学术沙龙、学术会议等活动，在构筑科研交流平台的基础上，促进学科交叉融合，推动科研创新发展。（教育部网站2009年10月14日）